این مسجد پرعظمت به امر مستقیم حضرت حجت عجل‌الله‌تعالی‌فرجه و به واسطة تشرف شیخ صالح، «حسن بن مثله جمکرانی» به محضر آن حضرت ساخته شده است. در کرامت این مسجد همین بس که دل میلیون‌ها نفر از محبان اهل بیت علیهم‌السلام را از گوشه و کنار جهان مجذوب و شیفتة خود ساخته و کرامات فراوانی را با عنایت مستقیم امام زمان عجل‌الله‌تعالی‌فرجه به ظهور رسانده است. برخی معتقد ند که امام زمان عجل‌الله‌تعالی‌فرجه بسیاری از سحرگاهان در مسجد حاضرند.
علما و بزرگان و بویژه رهبر فرزانة ‌انقلاب، با مسجد جمکران رفاقت و انسی همیشگی داشته و دارند. مرحوم آیت‌الله بهاء‌الدینی می‌فرمودند: «بعد از حرم امام رضا علیه‌السلام، در ایران جایی به معنویت و نورانیت مسجد جمکران سراغ نداریم». از حضرت آیت‌الله بهجت پرسیدند: «چه کنیم که به دیدار امام زمان عجل‌الله‌تعالی‌فرجه نائل شویم»؟ فرمودند: «صلوات فراوان بفرستید، فراوان به مسجد مقدس جمکران بروید و اعمال را به طور کامل انجام بدهید، و در مسجد اصلی نماز بخوانید که حال و هوای دیگری دارد».
منبع:سیری در آفاق، به سوی محراب، ساعی، ص 58